Agroforestry kan ook op vlak van waterbeheer een belangrijke rol spelen. Het AFaktive project neemt dit aspect onder de loep in Vlaanderen en daarbuiten.
Dit project heeft tot doelstelling het hemelwater in de omgeving Torhout-Zedelgem op te sparen en ter beschikking te stellen aan de land- en tuinbouwers.
In het project 'Groevewater voor landbouw en industrie' wordt samengewerkt om het groevewater uit de kleigroeve van Wienerberger op te sparen en te gebruiken.